清軍入關後，雖然鎮壓了聲勢浩大的農民軍和東南、西南以及其他各地的抗清力量，建立了全國的封建統治，但實際上在康熙初期，南方尚有“三藩割據”，東南海上鄭成功的子孫還占據着台灣，西北邊疆蒙古準噶爾部也未臣服。康熙為了實現全國統一，不得不進行“南征北戰”。

　　“三藩”，是指鎮守雲南的平西王吳三桂、鎮守福建的靖南王耿精忠和鎮守廣東的平南王尚可喜之子尚之信。他們割據一方，并不斷向外發展，嚴重威脅着清朝政府的統治。1673年，康熙以尚可喜奏請歸老遼東為機緣，開始撤藩。撤藩令一下，吳三桂即于當年十一月在雲南發動暴亂。康熙十三年(1674年)初，吳三桂率軍攻入湖南，平南王的女婿廣西将軍孫延齡、靖南王耿精忠先後響應。随後，雲貴、四川、湖廣、閩粵、甘陝等地握有重兵的清軍提鎮大員也紛紛豎起叛旗。清朝廷采用打擊與安撫相結合的辦法，最後于康熙二十年(1681年)十月，平定了曆時八年之久的“三藩”之亂。

　　“三藩”之亂平定之後，統一台灣成為清政府必須解決的問題。康熙二十年(1681年)，清朝廷派大将姚啟聖、施琅進攻台灣。康熙二十三年閏六月，施琅攻下澎湖，據守台灣的鄭成功的孫子鄭克爽投降。八月，清軍勝利進駐台灣。第二年，清政府在台灣設立一府(台灣府)三縣(台灣、鳳山、諸羅)，隸屬于福建省，從而使台灣歸入中國的版圖。

　　康熙初年，居住在天山北路的蒙古族中的厄魯特準噶爾部的封建大地主噶爾丹合并了其他三部，占據了天山南路各城。1690年，噶爾丹在沙俄支持下，率兵向内蒙古進攻。康熙帝為了維護國家的統一，鞏固自己的統治，先後三次親自帶兵出征，1690年，大敗噶爾丹于烏蘭布通。噶爾丹在清兵的追擊下，于1697年敗死。後來，其侄子策妄阿拉布坦又發動叛亂，康熙帝1720年再次帶兵出征，平定了叛軍。1757年，乾隆帝又派兵平定了準噶爾貴族阿睦爾撒納的叛亂。至此，準噶爾部才終于臣服。清政府設立了伊犁将軍、參贊大臣等，率兵分駐伊犁、塔城等地，加強了對天山北路的統治。

　　雍正五年(1727年)，清政府在西藏設置駐藏大臣，以監督西藏地方事務。乾隆五十七年(1792年)，英國殖民者唆使尼泊爾封建主入侵西藏，被清政府擊敗。清政府對西藏的政治、經濟、軍事進行了一系列的重大改革，使西藏地區與中央政府之間的關系更加密切。

　　在少數民族衆多的西南地區，清政府于1726年至1731年間，實行了“改土歸流”的政策，即由朝廷直接派遣的流官代替原來由少數民族世襲的土司，從而削弱了土司的勢力，消除了這些地區的割據狀态，加強了統治。

　　1757年，南疆回部首領大、小和卓木煽動維吾爾族貴族發動叛亂。在各族人民的幫助下，清政府于1759年粉碎了這次叛亂活動，制定措施加強和鞏固對天山南路的統治。1820年，大和卓木的孫子張格爾在英國侵略者的唆使下，率叛軍竄入天山南路各城，要恢複對“回疆”的統治。1827年，清軍在維吾爾族人民的支持下，收複叛軍，并俘獲了張格爾，收複了天山南路各城，恢複了祖國的統一。

　　經過一系列征戰之後，清政府實現了國家的真正統一。清朝前期，我國的疆域西達蔥嶺和巴爾喀什湖，北接西伯利亞，東到太平洋，南面包括南沙群島。當時，生活在統一的封建國家内部的民族成員有漢、滿、蒙古、回、藏、維吾爾、壯、苗等50幾個民族。統一的多民族國家的建立，加強了各族人民間經濟和文化的聯系，促進了邊疆地區的開發。