就在蕭軒率領的志願師和革命軍各旅在崇祯二年至崇祯三年的整個冬季加緊備戰，準備在開春後同南方明軍展開決戰的時候，天山南北之間的決戰也在展開了。
黑還勃列堪比崇祯二年入關的陣容，大緻超過一半主力部隊最初展開西征的時候，還是十分小心謹慎的。畢竟從北山黑水跨越整個蒙古草原抵達臨近河中衛拉特蒙古一帶遠達萬裡之遙，僅僅是遠征行軍就需要花費半年左右的時間了。十分重視情報線的後金上層也十分清楚。臨近河中的葉爾羌諸部乃至衛拉特諸部總的軍事潛力絕對不溶小視，各路人馬林林總總加在一起足有十萬之衆，而且騎兵化和裝備水平似乎都并不算很差。這相對于包括不少蒙古人和仆從在内總共也不過三萬人左右，核心滿洲披甲不過萬餘人的建州主力，似乎仍然不宜樹敵太多。
在展開西征之前，黑還勃列就已經定下了策略：占據中原進軍河中要道的吐魯番乃至逃到青海的林丹汗等人的勢力是自己不可能讨好的。正所謂遠交近攻，拉攏準葛爾等人的勢力，重點打擊吐魯番部和衛拉特東面巴圖爾的力量。如果有必要，甚至可以通過聯姻的手段如對察哈爾蒙古那樣消化之。
崇祯二年秋天，跨越幾千裡荒漠，面對不曾預料過的困難兵疲馬乏的建州主力先鋒一個旗的兵力遭遇早有準備的吐魯番部兩多人馬的圍攻。然而交戰的結果卻是，那些看似裝備精良的吐魯番人隻給建州主力先鋒造成了不過一二百的傷亡，戰死還不到百人，在後金軍隊面臨嚴重被動局面的一場決戰竟然以吐魯番人的完敗而告終。因為吐魯番人的騎兵機動力也不如滿軍精騎，在反撲和追殺中傷亡損失多達近萬人，徹底元氣大傷。這在很的程度上還是因為河西走廊上的漫長行軍讓缺乏西北作戰經驗的建州主力損失了不少馬匹，追殺能力大大下降的結果。
以吐魯番人的底子，如果僅僅在最初交戰中傷亡損失不過小幾千人，那或許有可能是為了誘敵深入而已做出的某種犧牲。可是一次就損兵近萬人，其中還有不少火炮和铠甲，這毫無疑問就是真敗而不是佯裝失敗了。
“這吐魯番人的戰鬥力相比當年薩爾浒之戰乃至天啟年間的明軍如何？”在确定了這不是什麼陰謀詭計之後，長途跋涉之後的不安，也為鼓舞士氣，黑還勃列對随軍出征的衆将在一次軍議上笑着問道。
就連之前一路上早有不滿的莽古爾泰等人也笑道：“恐怕，還不如當年薩爾浒之戰時我們遇到的那些對手。同明軍交鋒，多少還是要更為頭疼一些的。明軍大多少官兵雖然戰鬥力和訓練很差，但也很有自知之明。往往用數不清的火炮和車輛來與我軍對峙。如果不是當時的明将太蠢，我軍又占有主場之便，就絕不可能以不過幾百人的傷亡代價擊敗數萬明軍主力。可是這些吐魯番人，如果論官兵們的訓練和裝備，那确實比尋常明軍好一些。可是他們太沒有自知之明了，竟然在自身沒兩把刷子的情況下同我軍比騎射還有正面肉搏，而且騎射還不如蒙古人，火器火炮還沒有多少，焉有不敗之理？”
吐魯番一帶的遭遇戰和大勝，徹底改變了經過漫長的遠征之後後金主力當中有些低落的士氣，尤其是這一帶不像草原上的蒙古人，不僅有着不少水源和農田，更有着蒙古人哪裡根本不曾見過的很多姿色出衆的平民女子的情況下。因為吐魯番人主動的挑釁和抵抗，建州主力在這裡也就再也沒有什麼顧慮的展開了屠殺。
黑還勃列等人也改變了之前的想法和态度：見到葉爾羌軍隊比遼東那些集中起來的明軍主力似乎還更好打，民間的抵抗更薄弱，而且還不似蒙古人那樣經常流動，就下定了決心：葉爾羌人從種族到信仰似乎同建州差距太大，不論是吐魯番人還是西面的南疆各地的葉爾羌人恐怕很難有效的消化。更别說，用這些異種人統治中原，誰也不知道會比會更為激烈的抵抗和不合作。因此：既然這些人不能打，還不能跑，那就應當以消滅為主了。
此時的蒙古人雖然也不是建州主力的對手，但似乎至少還比較能跑、為了盡早的鼎定這裡，黑還勃列還是派出了使者前往衛拉特各部，以共同讨伐南疆為利益籌碼，換取衛拉特諸部與建州如同察哈爾人那樣建立廣泛的聯姻。
然而，黑還勃列還是小瞧了在不久前剛剛趕走土爾扈特部的巴圖爾。此時巴圖爾也自稱“渾台吉”整個準葛爾部也漸漸崛起起來。面對跨過河西走廊并在吐魯番一帶大開殺戒的後金異己勢力，巴圖爾渾台吉當然不甘心聽命于這個外來戶搞什麼共同聯軍出兵中原。因為那毫無疑問要受制于人。
同時，很少同東面的後金打教導的巴圖爾并不相信兵力并不算龐大，還是異地作戰的建州人能有多麼強大，因此最終還是決定聯合整個衛拉特蒙古一統抵抗建州的入侵，并拒絕了黑還勃列的要求。當然，處于建州軍在吐魯番乃至葉爾羌一帶接連展開行動中的強大戰鬥力，内部對于是否要同建州合作也有不同的聲音。當巴圖爾解決這些内部分歧之後，建州軍主力精銳也摧枯拉朽一般的僅僅在一個秋天之内就掃平了整個南疆。寒冬剛過，就從多個方向上對衛拉特蒙古展開了攻勢，力求壓服衛拉特蒙古人。
就這樣，在此時衛拉特的會宗之地伊犁城下，滿洲人與準葛爾人之間的決戰提前了很多年展開了。這場決戰沒有發生在滿洲入關之後，而是在西向的戰略之下在兩個勢力一個處于早期，一個正當壯年的時候就爆發了。準葛爾人雖然開始對建州軍的強大有所了解，卻也相信并非防守中也不能相抗。